一位早期曾任中科红旗高管的人士告诉记者，股权结构固定后，本应该按正常企业的运营方式进行管理，但第一大股东的实际控制方中科院软件所的管理方式，却"所企不分"，这让几家小股东极为不满。

　　这一情况，在中科红旗创始人兼首任董事长孙玉芳执掌时期并不明显，但2005年孙玉芳因病去世后，股东间的矛盾开始集中爆发。

　　最初的导火索，是2006年中科院软件所组建中科方德公司。2000年中科红旗成立之时，软件所曾出具过一份非竞争承诺函。其他几家股东认为，中科方德与中科红旗存在业务竞争关系，软件所此举明显违背了最初的承诺。

　　在中科院软件所领导的强势介入下，此事最终不了了之，但大小股东间的矛盾已经由暗转明。

　　矛盾激化

　　2008年，中科红旗申报国家"核高基"重大专项操作系统项目一事，让矛盾进一步激化。

　　贺唯佳回忆，中科红旗申请核高基的想法公布后，公司上下都意见统一。问题在于，核高基科研经费包括国家拨款、地方拨款和企业自筹三部分，其中自筹部分预算需要6000万元，按照中科红旗当时年营收约2000万元的实际情况，根本无力承担。

　　有知情人士说，中科院软件所在与中科红旗联合申请时曾有承诺，中科红旗自筹资金不能按时足额到位时，软件所将"兜底"足额补齐。中科红旗这才放手一搏。