公司董事会多次商讨解决方案未果，最终于2014年2月通过决议决定终止公司运营，解聘全体员工，并成立清算委员会和清算工作组。

现场 30余代表 领到共1500多万元现金支票

记者在现场看到，30多名原中科红旗员工代表到场，领取总额为1500多万的现金支票。“一年的等待终于结束了，心情很激动！”赵女士告诉记者，公司拖欠薪水时，她已经怀孕了，根本无法去找工作。记者在采访中了解到，涉案的95名员工，大部分已经找到工作。

据海淀法院介绍，在案件执行中，开展了司法评估拍卖工作，允许该公司清算工作组通过合法途径公开自行变卖部分资产，一家大连的计算机系统研发有限公司与中科红旗达成了计算机软件著作权与商标权收购协议和股权整体收购意向，并向法院代偿了中科红旗公司的全部欠款。

据腾讯科技了解，中科红旗成立于2000年6月，由中科院软件所和北京赛迪等八家股东联合设立，起初主要产品为一款基于Linux的操作系统红旗Linux。自1999年发布1.0版本以来，中科红旗Linux产品因抢占了先机在市场上的占有率节节攀升，并一度达到国内Linux市场50%份额，并成为微软Windows操作系统最大的竞争对手。因此，它也一些媒体誉为“民族企业的旗帜”。

然而，随着Linux在PC市场的占有率持续下滑，中科红旗于2013年遭遇了资金困难，员工工资无法完全到账，物业租金也久久拖欠。有分析认为，中国科学院软件所专项资金不到位成为了压倒中科红旗的最后一根稻草，致使其不得不宣布解散。